距离上一部冒险已经过去三年，斯图尔特成了纽约的“小英雄”，却陷入了中年（鼠年）危机。利特尔家的新宠物猫总想捉弄它。一次意外，斯图尔特掉进下水道，发现了一个由老鼠、蟑螂和流浪动物组成的庞大地下城。这里的国王“屎都儿”有着和斯图尔特一模一样的长相和声音，却对人类充满仇恨，计划在跨年夜用水淹掉整个曼哈顿。斯图尔特被迫成为“双重间谍”，一边与兄弟周旋，学习垃圾堆里的生存法则，一边向地表发送情报。最终，斯图尔特用亲情唤醒了屎都儿内心的柔软，兄弟联手改写了垃圾处理系统的程序，将洪水引向荒废的无人岛。
比第一部更具社会讽喻意味，下水道王国的美术设计令人叹为观止。斯图尔特的内心戏饱满，孪生兄弟的设定带来了哲学层面的思考：环境决定善恶？动作场面利落，感人程度超预期。
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